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净化车间微生物的污染控制，是严格的管理和限制人员的除菌率密切关联的。良好的除尘、防菌措施，例如：防尘服、防静电设施等均是生物洁净技术中十分重要的内容。
微生物污染的控制，从生物洁净技术的角度而言，有四个原则：
1、对进入净化车间的空气充分地进行除菌或灭菌(如用高效滤器、电子自净气、臭氧发生器等)。
2、使室内微生物颗粒迅速而有效地吸收并排出室外(换气次数及最佳的进风口与回风口的设计)。
3、不让室内的微生物粒子集聚和衍生(气流组织形式及合格的净化装修)。
4、防止进入室内的人员或物品散发细菌，如不能防止，则应尽量限制其扩散。
在上述原则中：1和4两项与除菌及灭菌的措施，操作及管理有关。而2和3两项与室内气流组织换气次数有关。良好的气流组织可以使这两项内容得以完成。
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