无尘车间以建造单层大框架正方形大面积厂房最佳。其显著优点是外墙面积最小、能耗低，可节约建筑、冷热负荷的投资和设备运转费用。另外，可控制和减少窗墙比，加强门窗构造的气密性。此外，在有高温差的洁净室设置隔热层，围护结构采用隔热性能和气密性好的材料及构造，建筑外墙内侧采用保温或夹芯保温复合墙板；在湿度控制房间设置有良好防潮性能的密封室：这些措施均能达到节能的目的。
减少无尘车间体积
无尘车间的减少，意味着风量比、换气次数、送风动力消耗都随之降低。洁净室每平方米耗能是普通空调办公楼的10~30倍。若减少洁净体积30％，可节能25％。又由于1万级洁净区电耗是10万级的2.5倍，因此，企业应按不同的空气洁净度等级要求分别集中布置，尽最大努力减少洁净室特别是高级别洁净室的面积，同时，应使洁净度要求高的洁净室尽量靠近空调机房，以减少管线长度，降低能量损耗。以维持该区域的高洁净级别要求，且减少无尘车间体积。
降低无尘车间污染值
降低无尘车间的污染值也有利于无尘车间的节能。无尘车间空气的主要污染源不是人，而是新型建筑装饰材料、清洁剂、粘接剂、现代办公用品等。因此，使用低污染值的绿色环保材料可使无尘车间的污染状态很低，这也是减少新风负荷，降低能耗的很好的途径。
合理设计空气洁净等级
在无尘车间设计中，对空气洁净度等级标准的确定，应在保证生产质量的前提下，综合考虑工艺生产能力、设备的大小、操作方式和前后生产工序的连接方式、操作人数、设备自动化程度、设备检修空间、设备清洗方式等因素，以降低投资和运行费用，达到节能要求。一是按生产要求确定净化等级，如对注射剂稀配可定为1万级，而浓配对环境要求不高，可定为10万级。二是对洁净度要求高、操作岗位相对固定的场所使用局部净化措施。
根据不同季节调控温湿度
在满足生产工艺的前提下，从节能的角度出发，需要确定合适的洁净度等级、温度、相对湿度等参数。无尘车间生产条件为：温度18℃～26℃，相对湿度45%～65％。考虑到室内相对湿度过高易长霉菌，不利于洁净环境的维持，过低易产生静电，使人体感觉不适。根据制剂生产实际，只有部分工艺对温度或相对湿度有一定要求，其他均着眼于操作人员的舒适感。因此，从我国人们的习惯和体质看，夏天温度应从24℃升高到26℃，相对湿度45%~65%比较合适。冬天应该在20℃以上，而相对湿度从45％降到自然状态（如20％）则节能是明显的。
减少无尘车间换气次数
在保证洁净效果的前提下，减少换气次数、送风量是节能的重要手段之一。换气次数与生产工艺、设备先进程度及布置情况、无尘车间大小及形状，以及人员密度等密切相关。如布置有普通安瓿灌封机的房间就需要较高的换气次数，而带有空气净化装置的洗灌封联动机的水针生产间，就只需较低换气次数即可保持相同的洁净度。
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